军队同盟会活动停顿后，会员黄申芗、郭抚宸、杨王鹏、覃炳堃、钟畸、黄元吉、章裕昆、李长龄、梁维亚、曾省三等人筹谋改组为群治学社。1908年12月13日，群治学社在武昌小东门外金台茶馆召开成立大会。会议通过《宣言》《简章》，并议决两案：一是本社暂设庶务，维持社务进行，推钟畸担任庶务；二是本社同志不得介绍官佐入社，以防不虞。《宣言》宣扬爱国救亡，希望“研究学识，讲求自治，促睡狮之猛醒，挽既倒之狂澜”。《简章》宣称“以集合多数人知识，研究学问，提倡自治为宗旨”；并规定严密的组织机构，设社长1人、文书2人、会计1人、庶务1人、评议员若干人、均由社员推任；还严格规定社员入社程序：“凡加入本社之同志，须得本社社员三人以上介绍，经本社派员考查，确认为与本社宗旨相合，愿守本社一切规章者，方得为本社社员”。相对于军队同盟会而言，群治学社在组织上显得更加严密和成熟。群治学社成立后，便以新军第41标为活动基地，迅速将组织发展到湖北新军各标；同时，还与秘密会党加强联系，并与湖北共进会互通声气，逐渐使湖北革命力量走向合流。1910年初，汉口《商务报》主笔詹大悲与同盟会员刘复基、蒋翊武加入了群治学社，成为社中骨干分子，《商务报》成为该社机关报。4月，长沙发生抢米风潮，群治学社与湖南共进会首领焦达峰相约乘机起事。后因长沙抢米风潮很快被镇压下去，群治学社未能在武汉发难，但已风声外露，引起了官府的注意，黄申芗等人纷纷外逃，《商务报》也被查封。群治学社的活动因此消沉。