而在南宋时期，国子学已经附属于太学。据《咸淳临安志》卷十一《学校》记载：南宋京师的上舍生为30人，内舍生为260人，外舍生为1400人，国子生80余人，总额为1770人。由此可见，当时的国子生是附读于太学的。另据《建炎以来系年要录》卷一七三，绍兴二十二年（1152年）六月林同所谈，“太学养士千余人”，可知当时的太学生共有千余人，而在《咸淳临安志》中则明确记载此时的太学生为1000人整。由此可推断，这两者之差的余数便是《玉海》卷一一二《学校·绍兴太学》中所记载的“国子生限以80人”的情况。由此看出，南宋时期，国子生是附读于太学的，而且学生人数少，规模小，相比之下，远不及太学学生。这说明从南宋初年后，国子学就已不是独立存在，而是与当时的太学二位一体了。
国子学合于太学，而太学又伴随着招生资格的放宽，规模的扩大，使得宋代官学最高学府已经不同于唐代时的状况，不再为士族门阀子弟所充斥。这是宋代中央官学所发生的重要变化。这一变化，是封建地主阶级内部各阶层之间利益格局变化的一种反映，也是士族地主阶级的门阀政治体制的崩溃，品官地主兴起和官僚政治发展在学校体制中的折射。