桓冲虽然在“政治瘦身”的同时缓解了朝廷与桓家的紧张关系，但是这一系列举措却让激进派郗超嗤之以鼻。当然，对于这个哥哥信任的首席幕僚，桓冲倒是一点都不待见，时不时给郗超脸色看。
时间久了，郗超也觉得侍奉这位新主毫无前途，于是辞官回了家乡。从那以后，郗超再也没有接受朝廷的任命，而是用余生怀念着与桓温共事时的峥嵘岁月。太元二年十二月（378年1月），一代谋士郗超孤独地病逝于家乡，享年42岁。郗超死后，妻子周氏拒绝返回娘家，道：“活着虽不能跟郗郎同室而居，那就死后和他同穴而葬。”
在逐走郗超后，桓冲一如既往地保持着他的低调，以前桓温想杀哪个将领就杀哪个，从来不上报中央；桓冲凡是要杀人，先打报告，说出详细的理由，请皇上定夺。
