康熙皇帝通过二次南巡，对靳辅有了深入的了解，以诚恳求实的精神做出了正确评价。返京后，于三月二十一日御门听政时宣布：此次南巡阅河，了解到江、淮诸处百姓及行船夫役，都称颂原任总河靳辅，感念不忘，且见靳辅疏理河道及修筑上河一带堤岸确有成效，实心任事，克著勤劳。从前将其革职，是处理错误，现决定恢复其从前衔级。这年，靳辅奉旨纂修的《治河方略》完成，进呈康熙皇帝。此后凡遇河工方面问题，都命去问靳辅。靳辅也极为谦虚、谨慎，积极支持康熙皇帝的正确见解并加以补充说明，令康熙皇帝甚为满意。
从康熙二十九年(1690)起，准噶尔部首领噶尔丹对外蒙古和内蒙古的侵扰活动进一步加剧，康熙皇帝必须集中主要精力巩固北部边防。同时，康熙二十九年、康熙三十年两年雨水较大，黄河险工不断增加。一旦黄河决口、运道受阻，不仅关系军民生计，甚至会影响北方战局。这时有人揭发王新命勒取库银，应离职受审。康熙三十年(1691)二月将其解任，另委靳辅复任河道总督，命顺天府承徐廷玺同往协理。